Simon växer upp i en arbetarfamilj i utkanten av Göteborg under andra världskriget. Trots en kärleksfull uppväxt känner han sig annorlunda och utanför.
Simon är väldigt begåvad och mot hans föräldrars gillande söker han sig till de skolor och utbildningar som en arbetarunge normalt inte söker sig till. Där möter han Isak, son till en förmögen judisk bokhandlare som flytt undan förföljelserna i Tyskland. De två pojkarna och deras familjers liv vävs samman samtidigt som kriget rasar i Europa.
Simon och Ekarna bygger på Marianne Fredrikssons hyllade roman med samma namn och är den första filmatiseringen av någon av hennes böcker.